La palabra anafilaxia fue acuñada inicialmente en francés (Anaphylaxie) en 1902 por el fisiólogo Charles R. Richet (1850-1935), galardonado con el Premio Nobel de Medicina en 1913, y su colega de la misma nacionalidad Paul J. Portier. Ellos compusieron el término a partir de un prefijo, Ana-, y un sufijo, -phylaxis, ambos de origen griego.

Aunque el prefijo de origen griego Ana- puede tener diversos significados, parece que  los mencionados Richet y Portier lo eligieron por su acepción de «contra, contrario o retroceder»,  pues, al yuxtaponerse al sufijo -phylaxis, que significa «guardián, protector o cuidador» (del verbo «phylassein«: cuidar o proteger), le atribuye el significado de «contrario a la protección». Es decir, identifica una situación en la que el sistema inmunitario, cuya función es la de protegernos frente a agentes dañinos, por una reacción anómala y desproporcionada, causa un efecto radicalmente opuesto al deseable: da lugar a un problema grave,  poniendo en riesgo incluso la propia vida del enfermo.

Conviene mencionar también que el prefijo Ana-, en ocasiones, también se emplea en el sentido de «intensificar algo», con la acepción de «por completo» o «total», por lo que algunos autores o textos (entre ellos, el Diccionario de Términos Médicos de la Real Academia Nacional de Medicina) entienden que el significado etimológico de la palabra haría referencia a esa reacción tan intensa, tan extrema, tan exagerada del sistema inmunitario en su función de defensa.  Nos parece más plausible, sin embargo, la hipótesis antes aludida de que sus creadores construyeron el término como una referencia a esa reacción inversa a la esperada, con efectos contrarios a la protección que el sistema inmunitario debería garantizar.