El cloro, utilizado solo o en forma de hipoclorito sódico, actúa como desinfectante. Añadido al agua, destruye gérmenes que aquélla pueda contener. La mayor parte del suministro de agua potable en Europa occidental depende de la cloración. En las piscinas, el uso de hipoclorito sódico es imprescindible para evitar la proliferación de algas y hongos, eliminar organismos patógenos y asegurar unas condiciones higiénicas adecuadas.
El pH de la piel está en torno a 5,5, mientras que el valor del pH del agua de la piscina clorada se mantiene por encima de 7. Eso ya, por sí solo, reseca la piel. El cloro deteriora el manto graso protector de la piel, lo cual implica un efecto irritante, que se manifiesta de un modo más intenso en las personas con dermatitis atópica. Este efecto sobre la piel se ha atribuido, en ocasiones, a alergia, pero no es tal: cualquier persona expuesta al agua clorada de la piscina durante el tiempo suficiente puede sufrir irritación en la piel. Ciertamente, los síntomas pueden ser más intensos en personas con la piel sensible, pero el sistema inmunológico no está implicado en la reacción.
Para mitigar o disminuir esta irritación, es aconsejable aclararse en las duchas de la piscina nada más salir del agua, y, en los casos más sensibles, aplicar también crema emoliente para favorecer la hidratación de la piel. Por el contrario, usar un aceite protector o una crema barrera para crear una película impermeable sobre la piel antes del baño no es buena idea, pues puede favorecer la formación de una capa grasa en la superficie del agua, que haga poco agradable el baño para los restantes bañistas.
La irritación de los ojos (los famosos «ojos rojos») suele deberse a una sustancia llamada cloramina, que se forma por la reacción química que tiene lugar entre el cloro y el nitrógeno presente en el agua procedente de fluidos orgánicos como saliva, sudor y orina. Tampoco se trata de una alergia (pues el sistema inmunológico no está implicado), sino de un efecto irritativo, que puede evitarse usando gafas de bucear si se pretende abrir los ojos bajo el agua. A veces, este compuesto químico, la cloramina, puede producir también síntomas de asma, que son más frecuente en niños pequeños, porque suelen permanecer más tiempo en el agua, tienen menos cuidado para no ingerirla, y en sus pequeñas piscinas es más abundante la cloramina por una mayor concentración de los fluidos rogánicos referidos, especialmente la orina. El efecto irritante sobre los bronquios de la cloramina es más frecuente también en personas que padecen asma inducido por el ejercicio y practican la natación. Con frecuencia resulta útil para su prevención la inhalación preventiva de un broncodilatador de acción rápida (salbutamol, terbutalina) unos 15 o 20 minutos antes de realizar la actividad deportiva en la piscina.