Un antígeno es una sustancia que, cuando se introduce en el organismo, es capaz de inducir una respuesta inmunitaria; es decir, es capaz de hacer que se desencadene una reacción inmunológica, de tipo humoral (a base de anticuerpos) o celular, como respuesta a su propia presencia. Esa respuesta recibe el nombre de «específica», precisamente porque se desencadena específicamente contra ese antígeno en cuestión (los anticuerpos que se forman, por ejemplo, se unen selectivamente a ese antígeno). Los antígenos son predominantemente moléculas de tipo proteico (es decir, proteínas) pero puede haber excepciones.
Decimos que los antígenos tienen inmunogenicidad (es decir, son capaces de desencadenar una respuesta inmunitaria) y también especificidad (porque esa respuesta inmunitaria es específica contra el propio antígeno).
Cuando esa reacción inmunológica tiene las características de una respuesta alérgica (por ejemplo, en hipersensibilidad mediada por IgE, o en hipersensibilidad mediada por células como es el caso de las dermatitis de contacto alérgicas), al antígeno en cuestión lo llamamos alérgeno.
Los alérgenos son siempre antígenos (a los cuales llamamos alérgenos cuando la respuesta inmunitaria que desencadenan es de tipo alérgico). Sin embargo, hay antígenos que no son alérgenos (porque, aunque desencadenan una respuesta inmunológica, ésta no es de tipo alérgico: por ejemplo, las respuestas inmunológicas defensivas desencadenadas frente a un microorganismo infeccioso).
Un hapteno, por su parte, es una molécula de pequeño peso molecular que, cuando se introduce en el organismo, por sí sola no es capaz de inducir una respuesta inmunitaria, pero que, cuando se une con una proteína interna del propio organismo, sí puede inducirla. Necesita, por tanto, la participación de otra molécula diferente (la proteína interna del propio organismo, a la cual llamamos «proteína transportadora» o «transportador») para hacer que se desencadene la respuesta inmunitaria: sin ella, no puede. Por eso, a los haptenos también los llamamos «antígenos incompletos» o «antígenos parciales».
Decimos que los haptenos carecen de inmunogenicidad (puesto que no son capaces de desencadenar, por sí solos, una respuesta inmunitaria), pero sí tienen especificidad (porque cuando, unidas a su transportador, desencadenan una respuesta inmunitaria, esa respuesta es específica contra el complejo formado por el hapteno y el transportador).